Ai nesse caso você deveria realizar um subselect para compor o IN, que seria nessa linha:
select filial.fil_codigo, filial.fil_nome from filial where filial.fil_codigo in (select usuario_filial.fil_codigo from usuario_filial where usuario_filial.usr_codigo = <código do usuário>)Com isso iria retornar as filiais que ele tem acesso.
Basta adaptar a ideia para o que você necessita.