O Código do menu é definido automaticamente em seu XML, para ter acesso vc precisa acessar o XML do menu na propriedade Estrutura de Menu. A partir disso vc consegue utilizar a função Menu - Definir Permissão.
As permissões do menu são sempre armazenadas na tabela fr_permissao no campo mnu_codigo. A tabela fr_menu era utilizada anteriormente e se mantém por ser utilizada em projetos legados.