no server.xml do tomcat voce pode colocar a tag de conexão assim e colocar os arquivos em uma pasta dentro da conf/SSL por exemplo:
<Connector port="80" protocol="HTTP/1.1" connectionTimeout="20000" redirectPort="443"/>
<Connector port="443" protocol="org.apache.coyote.http11.Http11NioProtocol" maxThreads="150" secure="true" SSLEnabled="true">
<SSLHostConfig>
<Certificate certificateKeyFile="conf/SSL/privkey.pem" certificateFile="conf/SSL/cert.pem" certificateChainFile="conf/SSL/fullchain.pem" type="RSA"/>
</SSLHostConfig>
</Connector>