Ai nesse caso você deveria realizar um subselect para compor o IN, que seria nessa linha:
select
filial.fil_codigo,
filial.fil_nome
from
filial
where
filial.fil_codigo in (select usuario_filial.fil_codigo from usuario_filial where usuario_filial.usr_codigo = <código do usuário>)
Com isso iria retornar as filiais que ele tem acesso.
Basta adaptar a ideia para o que você necessita.