@Ruanrs Bom dia.
Para atualizar o sistema você só precisará gerar um novo pacote WAR ou JAR e atualizar sua database de produção com os scripts das novas tabelas e/ou atualizações das tabelas existentes.
A IDE Maker tem o histórico de modificações SQL que são realizadas pela mesma na base de dados do projeto, e você pode obter essas informações, conforme imagem abaixo:
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Cordialmente.