porque o objetivo é integrar esse sistema nos que eu possuo... a pergunta é, qual seria o melhor formato pra fazer essa migração com o menor índice

Eu acredito que a melhor forma é exportando o frz das estruturas que quer duplicar. Você vai exportar os formulários, fluxos, relatórios e estruturas de tabelas que criou, só não vai levar as tabelas e as telas do Maker. Quando criar o projeto novo no outro banco vai importar e organizar o projeto como quiser.