o arquivo devo alterar para realizar a modificação no css do template abas
Tem que ser o arquivo do Skin que está usando, ele fica em Webrun Studio Bootstrap\tomcat\webapps\webrunstudio\assets\skins\Abas.css.

Mas nem tudo pode ser alterado nesse aí, parece que tem outros que são padrão do Bootstrap, só que aí não sei te dizer, e particularmente, nunca tentei usar.